【キド先生からの回答】
結論から申し上げますと、中小企業経営強化税制においては、「即時償却制度」と「税額控除制度」との2つの制度の選択適用が認められています。そして、この選択適用にあたっては、その取得する機械ごとに適用できることとなっております。
したがって、A機械は即時償却制度、B機械は税額控除制度の適用を行うことが可能となりますので、御社の会計処理は問題なく行っていただければ、税務調査で否認されることはありません。
ただしご質問の趣旨から考察しますと、購入予定の機械2台とも即時償却制度を適用することも検討できるのではないでしょうか。
御社の経理担当者は利益が少なくなることを心配されているようですが、一台の機械は例えば当期に10%だけ償却を行い、残りの90%を償却不足額として翌期に繰り越すことも可能となります。
再度、慎重に会計処理を検討することをお勧めいたします。